總公司和分公司分別位于不同的省，且總公司和分公司的企業所得稅稅率不同，怎么匯總繳納企業所得稅呢？

國家稅務總局關于印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》的公告（國家稅務總局公告2012年第57號）第十八條規定，對于按照稅收法律、法規和其他規定，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業的應納所得稅總額，最后按本辦法第六條規定的比例和按第十五條計算的分攤比例，向總機構和分支機構分攤就地繳納的企業所得稅款。

國家稅務總局公告2012年第57號第六條和第十五條規定如下：

第六條  匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。具體的稅款繳庫或退庫程序按照財預[2012]40號文件第五條等相關規定執行。

第十五條  總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額統一計入二級分支機構；三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。

計算公式如下：

某分支機構分攤比例=（該分支機構營業收入／各分支機構營業收入之和）×0.35+（該分支機構職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30

分支機構分攤比例按上述方法一經確定后，除出現本辦法第五條第（四）項和第十六條第二、三款情形外，當年不作調整。

根據上述規定，跨省的總分公司企業所得稅稅率不同，匯總納稅時需要進行二次分配，為了易于理解具體如何二次分配，下面我們舉例說明：

甲公司在北京注冊成立，分公司A在拉薩注冊成立，分公司B公司在山東青島注冊成立，甲公司總機構和分公司B的企業所得稅稅率為25%，分公司A的企業所得稅執行西部大開發優惠稅率15%；2017年分公司A的營業收入為1000萬、職工薪酬為80萬和資產總額2000萬；2017年分公司B的營業收入為3000萬、職工薪酬為220萬和資產總額5000萬；

2018年二季度：

分公司A的利潤總額為40萬元；分公司B的利潤總額為100萬元，甲公司的利潤總額為1000萬元。

總分公司二季度預繳企業所得稅的計算如下：

1、分公司的分攤比例：

分公司A的分攤比例=（分公司A營業收入／各分支機構營業收入之和）×0.35+（分公司A職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35+（分公司A資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30=[1000/（1000+3000）×0.35+80/（80+220）×0.35+（2000／（2000+5000）×0.30]=0.266547619

分公司B的分攤比例=（分公司B營業收入／各分支機構營業收入之和）×0.35+（分公司B職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35+（分公司B資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30=[3000/（1000+3000）×0.35+220/（80+220）×0.35+（5000／（2000+5000）×0.30]=0.733452381

注：國家稅務總局關于發布《中華人民共和國企業所得稅月（季）度預繳納稅申報表（A類，2018年版）》等報表的公告（國家稅務總局公告2018年第26號）附件A202000《企業所得稅匯總納稅分支機構所得稅分配表》填報說明規定：“分配比例”（即分攤比例）填報分配比例應保留小數點后十位。

2、第一次分配應納稅所得額：

甲公司匯總總分公司應納稅所得額：1000+100+40=1140萬元

甲公司總機構分配的應納所得額=1140×50%=570萬元

A分公司分配的應納所得額=1140×50%×0.266547619=151.93萬元

B分公司分配的應納所得額=1140×50%×0.733452381=418.07萬元

3、計算總分公司的應納企業所得稅：

甲公司總機構分配的企業所得稅=570萬元×25%=142.5萬元

A分公司分配的企業所得稅=151.93萬元×15%=22.79萬元

B分公司分配的企業所得稅=418.07萬元×25%=104.52萬元

總分公司應納企業所得稅總額=142.5萬元+22.79萬元+104.52萬元=269.81萬元

4、第二次分配應納企業所得稅：

甲公司總機構分配的應納企業所得稅=269.81×50%=134.90萬元

A分公司分配的應納企業所得稅=269.81×50%×0.266547619=35.96萬元

B分公司分配的應納企業所得稅=269.81×50%×0.733452381=98.95萬元

總分公司第一次分配后的各總分機構企業所得稅和第二次分配后的各總分機構企業所得稅進行比較：

從上表可知，經第二次分配后，稅率高的甲公司總機構和B分公司的企業所得稅分別減少了7.6萬元和5.57萬元，合計減少了13.17萬元，而稅率低的A分公司的企業所得稅反而增加了13.17萬元，但應交納的企業所得稅總額沒有變化。